Takashi Nagai nacque nel febbraio del 1908 a Isumo (vicino a Nagasaki) in Giappone, in una famiglia di cinque figli di religione scintoista. Dimostrando una spiccata attitudine per gli studi, il padre, esperto di medicina orientale, gli trasmette la passione per questa disciplina e, nel 1928, Takashi si iscrive alla Facoltà di Medicina. Racconta nel suo diario: «fin dagli studi liceali ero diventato prigioniero del materialismo [...]; alla Facoltà di medicina mi fecero sezionare cadaveri: la struttura meravigliosa del corpo, l'organizzazione minuziosa delle sue minime parti, tutto ciò provocava in me ammirazione. L'anima? Un fantasma inventato da impostori per ingannare la gente semplice».
